Cùng với việc hoàn thiện cơ sở hạ tầng, đầu tư trang thiết bị máy móc phục vụ sản xuất kinh doanh và công tác quản lý thì cơ cấu tổ chức của PTSC QN cũng được kiện toàn, chuyên môn hóa một cách tối ưu và linh hoạt.
Cơ cấu tổ chức của PTSC Quảng Ngãi:
- Ban Giám đốc
- 07 phòng chức năng
- 01 Đội Dịch vụ Cảng Dung Quất
- 01 Xưởng sửa chữa cơ khí
Các tổ chức đoàn thể Công ty:
- 01 Đảng bộ với 05 chi Bộ trực thuộc
- Đoàn thanh niên với 05 chi đoàn trực thuộc
- 01 Công đoàn cơ sở Công ty với 05 Công đoàn Bộ phận
- Chi hội Cựu chiến binh
